В 1923 г. Евгений Михайлович Крепс, в будущем академик, однажды поинтересовался у И. П. Павлова его отношением к религии и к вере в бога. Иван Петрович в ответ на его вопрос сказал так: «Слушайте, господин хороший, что касается моей религиозности, веры в бога, посещения церкви, то это всё неправда, выдумки. Я семинарист и, как большинство семинаристов, уже со школьной скамьи стал безбожником, афеистом. Мне бога не нужно. Но человек не может жить без веры. Он должен во что-нибудь верить. Большевик, он верит, что коммунизм даст счастье человечеству, если не ему самому, то его детям, внукам. Эта вера даёт ему силу переносить голод и холод, драться на фронтах, сражаться за победу мировой революции, умирать за идею. Человеку религиозному, верующему в бога, силу придаёт вера, что есть высший судья, справедливый и милостивый, который за страдания, за праведные дела даст ему царствие божие на том свете. Эта вера помогает ему жить, терпеть горести, лишения.

Моя вера – это вера в то, что счастье человечеству даст прогресс науки. Я верю, что человеческий разум и его высшее воплощение – наука – избавят род людской от болезней, от голода, от вражды, уменьшат горе в жизни людей. Эта вера давала и даёт мне силы и помогает вести свою работу.

Почему многие думают, что я верующий человек, верующий в смысле религиозном? Потому, что я выступаю против гонения на церковь, на религию. Я считаю, что нельзя отнимать веру в бога, не заменив её другой верой. Большевику не нужно веры в бога, у него есть другая вера – коммунизм. Другую веру приносит людям просвещение, образование; вера в бога сама становится ненужной. Многие ли образованные люди верят в бога? (Хотя есть ещё немало верующих и среди них.) Надо раньше просветить народ, дать ему грамотность, образование, и вера сама ослабеет. А разрушать веру в бога, не заменив её ничем, нельзя».