В соответствии с принятой в Боснии и Герцеговине образовательной системой, в которой начальным («основным») считается обучение в течение 8 лет в возрасте 7-14 лет, а средним - в течение 4 лет в возрасте с 15 до 18 лет, уровень начального исламского образования достигается обучением в мектебе, а среднего исламского образования обучением в медресе. Мектеб дети посещают в течение 8 лет, живя в любом городе или большом селе, ранее - при мечети, а теперь в общеобразовательной школе, куда приходят му'аллимы. При этом речь идёт об одном предмете, в рамках которого и излагаются начальные знания по исламу. Он называется «Илмихал», и по этому предмету разработаны и выпущены учебники для всех 8 классов школы.
Следующая ступень, которую проходят уже не все ученики, а лишь желающие получить углублённые знания по исламу - медресе, при которых дети, приезжающие учиться, живут в интернате. Условием для поступления в медресе, как и в любую другую (общеобразовательную или специальную) школу в Боснии, является завершение «основной» т.е. 8-летней школы. Важнейшей целью медресе является дать своим ученикам исламское воспитание, и как можно более широкие общие знания, глубокие знания по специальности и трудовые навыки. Выпускники медресе могут работать в качестве имама или му'аллима или му'аллимы или работать в области да'вата. Кроме того выпускники могут продолжить дальнейшую учёбу и поступать в любые высшие учебные заведения, причём как на факультеты исламской теологии (Факультет исламских наук в Сараево, Исламские педагогические факультеты в Зенице и в Бихаче), так и на любые другие факультеты. Многие выпускники медресе своё образование продолжают за границей, как на Западе, так и на Востоке.
Учебная программа медресе охватывает специальные и общеобразовательные предметы: кираат (чтение Корана), тафсир (толкование Корана), фикх (исламское право и правила), акаид (исламское вероубеждение), хадис (речь и практика Посланника Мухаммада а.с.), ахлак (исламская этика), история ислама, боснийский, арабский и английский языки, математика, физика, химия, биология, социология, философия, логика, психология, педагогика, история, география, информатика ... . Такая учебная программа широко открывает выпускникам медресе врата любых факультетов в стране и за рубежом, к которым у них возникнет интерес и склонность.
Структура учебной программы по исламским предметам (на примере Медресе в Цазине):
Ахлак: 2 ч. в неделю, 70 ч. в год - изучается 2 года (1-2 класс); Акаид: 2 ч. в неделю, 70 ч. в год - изучается все 4 года; Хадис: изучается в 3-4 классах, всего - 100 ч. Кирает: 1-2 классы - по 3 ч. в неделю, по 108 ч. в год; 3-4 классы - по 2 ч. в неделю, по 70 ч. в год. Тафсир: изучается в 3-4 классах, всего - 100 ч. Фикх: все 4 года - по 2 ч. в неделю, по 70 ч. в год. История ислама: изучается 3 года (1-2-3 классы), по 70 ч. в год. Арабский язык: по 3 ч. в неделю, по 100 ч. в год - все 4 года.
Среди многих задач воспитательно-образовательной деятельности, например медресе «Джемалуддин Чаушевич» в Цазине, перечисляются следующие:
- развитие исламского гуманизма, являющегося условием для приведения в равновесие личных и общественных интересов на основе учения Корана;
- развитие у учеников сознания своей принадлежности к определённому культурному пространству и открытость по отношению к другим культурам;
- развитие сознания об ответственности за своих близких, за дом и семью, за свой народ, его духовность, традиции, язык и родную землю, с полной толерантностью к другим народам и их культурной и духовной идентичности;
- бережное хранение исторической памяти и сознания специфичности исторического опыта, приобретённого в мультирелигиозном, полиэтническом и поликультурном окружении.
Перед Второй мировой войной в Боснии было 33 медресе, а после войны лишь одному из них, Гази Хусрев-бегову медресе в Сараево, было разрешено работать, оно существует и работает по сей день. Еще с самого ухода турков с Балкан и установления австро-венгерской власти в 1878 г., и затем создания Королевства Югославия, а особенно установления власти коммунистов после Второй мировой войны, систематически велась работа по уничтожению мусульманского духа, а среди прочего и путём закрытия медресе, для того чтобы мусульмане не могли получать религиозное образование. В то время в Боснии было закрыто 32 медресе, которые были центрами, объединявшими и обучавшими мусульманскую молодёжь. В настоящее время всего в Боснии и Герцеговине имеется шесть медресе: Гази Хусрев-бегово медресе (Сараево), медресе Элчи Ибрахим паши (г. Травник), Бехрам-бегово медресе (г. Тузла), Караджоз-бегово медресе (г. Мостар), медресе «Осман эфенди Реджович» (г. Чаянград), медресе «Джемалуддин эф. Чаушевич» (г. Цазин).